Ex jugador de Peñarol fichó por el equipo del pueblo Alianza Lima a sus 31 años es centro campista jugó en Porto, Sp Braga, Dinamo Moscu, San Lorenzo y vitoria de Brasil estos son los clubes que mas destacó como jugador,ha jugado 352 partido en toda su carrera y tiene 74 goles el titulo obtenido de Luis Aguiar es Campeonato Uruguayo con Peñarol 2015-16 y el subcampeonato de la copa libertadores de américa en el año 2011, donde perdió ante el Santos de Brasil.
Actual DT del equipo blanquiazul Pablo bengochea conoce su trayectoria del Aguiar, por eso lo hizo llamado a los directivos del club Limeño, ahora ya oficializó el club, los clubes que jugó.
Al ser presentado a Alianza Lima esto dijo "Prometo sacrificio, mucha humildad hacia mis compañeros y mucho respeto al club. Sacrificio, respeto y buena disponibilidad para intentar ayudar a Alianza Lima a lo que están buscando con ansias, que es buscar un título”,
- Liverpool (Uruguay) 2003- 2005- 2007
- Universidad de Concepción (Chile) 2006
- Porto (Portugal) 2007-2009
- Estrela Amadora (cedido)
- Académica (cedido)
- Sporting Braga (cedido)
- Dinamo Moscú (Rusia) 2009
- Sporting Braga (cedido) 2010
- Peñarol (cedido) 2011
- Sporting de Lisboa 2011
- Peñarol 2012
- San Lorenzo (Argentina) 2012-2013
- Peñarol 2013-2014
- Vitória (Brasil) 2014
- Peñarol 2015-2016
- Alianza Lima (Perú) 2017