En la Copa Libertadores 1966, el equipo blanquiazul conformaba en el Grupo 1 junto con : Boca Juniors, River Plate, Deportivo Italia, Deportivo Lara y Universitario de Deportes, en la que equipo Peruano en primer partido se enfrentaba a Universitario fue derrotado por 2-0 a favor de cremas, en el segundo partido Deportivo Lara recibía a Alianza Lima en donde perdió por 2-1.
Partidos el equipo blanquiazul:
5 de Febrero: Universitario - Alianza Lima resultado 2-0
8 de Febrero: Deportivo Lara - Alianza Lima resultado 2-1
12 de febrero: Deportivo Italia - Alianza Lima resultado 3-1
19 de febrero: Alianza Lima - Boca Juniors resultado 0-1
26 de febrero: Alianza Lima - River Plate resultado 0-2
1 de Marzo: Alianza Lima - Deportivo Italia resultado 1-2
8 de Marzo: River Plate - Alianza Lima resultado 3-2
10 de Marzo: Boca Juniors - Alianza Lima resultado 0-1
13 de Marzo: Alianza - Deportivo Lara resultado 3-0
23 de Marzo: Alianza Lima - Universitario resultado 1-1
En el partido de ida en esa fase de la Libertadores entre Alianza Lima vs Boca Juniors se jugaba en el estadio nacional de Lima, aquella vez el equipo argentino venció por 1-0 al equipo blanquiazul, pero Alianza Lima supo vencer a Boca Junior en la Bombonera, uno de los únicos equipos peruano que ganó a la Boca Jr en la Bombonera, considerando como el único equipo peruano en ganar en la Bombonera para muchos medios de comunicación del país incaico.
BOCA JUNIORS 0-1 ALIANZA LIMA
Buenos Aires, 10 de marzo de 1966
Estadio: "La Bombonera"
Público: 15.000
Arbitro: Tomás Troxler (Paraguay)
Boca Juniors: Minoián, Federico Sacchi, Silvio Marzolini, Carmelo Simeone, Marcos Zarich, Alcides Silveira, Luna, Angel Clemente Rojas, Alfredo Hugo Rojas, Norberto Menéndez, Aimonetti.
Alianza Lima: Rodolfo Bazán, De La Vega, Orlando Lavalle, Barreto, Rodolfo Guzmán, Grimaldo, Martínez, Víctor Zegarra, Leiva, Víctor Rostaing, Valle.
Gol: Víctor Zegarra (AL).